BPK Perwakilan Provinsi Papua Barat terdiri atas:
a. Sekretariat Perwakilan;
b. Subauditorat Papua Barat I;
c. Subauditorat Papua Barat II; dan
d. Kelompok Jabatan Fungsional.
Sekretariat Perwakilan mempunyai tugas menyelenggarakan
dan mengoordinasikan dukungan administrasi, hukum,
hubungan masyarakat dan perpustakaan, protokoler, serta
sumber daya untuk kelancaran tugas dan fungsi BPK
Perwakilan Provinsi Papua Barat.
Sekretariat Perwakilan Provinsi Papua Barat terdiri atas:
a. Subbagian Hubungan Masyarakat dan Tata Usaha Kepala
Perwakilan;
b. Subbagian Sumber Daya Manusia;
c. Subbagian Keuangan;
d. Subbagian Umum dan Teknologi Informasi; dan
e. Subbagian Hukum.
Subauditorat Papua Barat I dan II mempunyai tugas untuk memeriksa pengelolaan keuangan pemerintah daerah