BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat telah beberapa kali menerima permintaan/permohonan penghitungan kerugian negara/daerah terhadap kasus-kasus yang mengandung unsur tindak pidana korupsi dari pihak Kejaksaan Negeri Manokwari, Kejaksaan Negeri Fakfak, Kepolisian Negara RI Daerah Papua Resor Manokwari, dan Kepolisian Negara RI Daerah Papua Resor Fakfak.
Selama tahun 2009 sampai dengan bulan Februari 2010, Perwakilan Provinsi Papua Barat telah melakukan penghitungan kerugian Negara/daerah atas dugaan kasus korupsi:
1. Kekurangan volume dan pekerjaan fiktif pada kegiatan pembangunan ruang kelas dan Laboratorium IPA pada Bantuan langsung Dana Dekonsentrasi (Block Grant) bidang pendidikan kepada SMU-SMU Kabupaten Manokwari.
2. Kontrak ganda pada pengadaan buku pelajaran tingkat SD Papua Barat.
3. Penyalahgunaan dana Askes Sosial PNS pada RSUD Kabupaten Fakfak.
4. Pengadaan fiktif dan mark-up harga pada pengadaan mobil dinas Pemerintah Provinsi Papua Barat.
5. Penyalahgunaan dana bantuan gempa Kabupaten Manokwari TA 2008.
6. Penyalahgunaan dana Bantuan Program Pengembangan Kecamatan (BPPK) yang dilakukan oleh Konsultan Fasilitator BPPK Distrik Fakfak Timur.
Pada saat pihak kejaksaan dan kepolisian mengajukan permohonan penghitungan kerugian negara/daerah, mereka melakukan pemaparan kronologis kasus tindak pidana korupsi yang sedang disidik tersebut di depan Kepala Perwakilan, Kepala Seksi, dan Kepala Subbag Hukum dan Humas. Setelah itu perwakilan menugaskan tim yang terdiri dari satu orang ketua dan satu orang anggota, dan didampingi oleh pengendali teknis serta penanggung jawab. Hasil dari penghitungan kerugian negara/daerah kemudian dikonsultasikan ke Direktorat Utama Pembinaan dan Pengembangan Hukum Pemeriksaan Keuangan Negara. Hasil konsultasi tersebut dituangkan ke dalam bentuk Laporan Penghitungan Kerugian Negara/Daerah yang kemudian diserahkan kepada pihak pemohon penghitungan kerugian dan Direktorat Utama Pembinaan dan Pengembangan Hukum Pemeriksaan Keuangan Negara.
Kerjasama ini sangat bermanfaat bagi BPK RI untuk ikut berperan aktif dalam mewujudkan penyelenggaraan Negara yang bersih dan bebas dari KKN.
