Kepala Sub Auditorat Papua Barat I
Sub Auditorat Papua Barat I mempunyai tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Provinsi Papua Barat, Kab Manokwari, Kab. Manokwari Selatan, Kab. Teluk Wondama, Kab. Tambrauw, Kab. Fakfak , Kab. Kaimana, serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut di atas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
Kepala Sub Auditorat Papua Barat II
Sub Auditorat Papua Barat II mempunyai tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Kab. Raja Ampat, Kab. Sorong, Kota sorong, Kab. Sorong Selatan, Kab. Teluk Bintuni, Kab. Maybrat, Kab. Pegunungan Arfak, serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut di atas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
Kepala Sekretariat Perwakilan
Sekretariat Perwakilan menyelenggarakan fungsi :
1.Pelaksanaan kegiatan kesekretariatan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat;
2.Pengurusan sumber daya manusia, keuangan, serta sarana dan prasarana di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat;
3.Pemberian layanan di bidang hukum, hubungan masyarakat, teknologi informasi, administrasi umum, dan keprotokolan di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat;
4.Penyusunan Laporan Keuangan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat dan penyiapan bahan penyusunan Laporan Keuangan BPK;
5.Pelaksanaan kegiatan lain yang ditugaskan oleh Kepala BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat;
6.Pelaporan hasil kegiatan secara berkala kepada Kepala BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat.
•Kepala Sub Bagian Sumber Daya Manusia (SDM)
Sub Bagian SDM mempunyai tugas melaksanakan pengurusan sumber daya manusia di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat.
•Kepala Sub Bagian Keuangan
Sub Bagian Keuangan mempunyai tugas melaksanakan kebijakan anggaran, perbendaharaan, penatausahaan, dan pertanggungjawaban keuangan, serta menyiapkan bahan pendukung dalam rangka penyusunan Laporan Keuangan BPK di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat.
•Kepala Sub Bagian Hukum dan Hubungan Masyarakat (Humas)
Sub Bagian Hukum dan Humas mempunyai tugas meleksanakan pemberian layanan di bidang hukum yang meliputi legislasi, konsultasi, bantuan dan informasi hukum, serta bidang kehumasan yang terkait dengan tugas dan fungsi BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat.
•Kepala Sub Bagian Umum
Sub Bagian Umum mempunyai tugas melaksanakan pemberian layanan administrasi umum, teknologi informasi, dan keprotokolan, serta melaksanakan pengurusan sarana dan prasarana di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Papua Barat.
•Kepala Sub Bagian Sekretariat Kepala Perwakilan (Setkalan)
Sub Bagian Sekretariat Kepala Perwakilan mempunyai tugas menyelenggarakan kesekretariatan dan menyiapkan informasi yang dibutuhkan oleh Kepala Perwakilan, melaksanakan kegiatan lain sesuai dengan perintah Kepala Perwakilan.