Hasil pemeriksaan BPK RI di Papua Barat lambat ditindaklanjuti oleh pemerintah daerah. Sesuai dengan UU No. 15 Tahun 2004 tentang Pemeriksaan Pengelolaan dan Tanggungjawab Keuangan Negara, pihak Pemerintah Daerah wajib untuk menindaklanjuti hasil pemeriksaan BPK RI dalam waktu maksimal 60 hari dan melaporkannya kepada BPK RI.
Sejak berdirinya pada 5 Mei 2007, Perwakilan BPK RI di Manokwari telah melakukan pemeriksaan atas Bantuan Keuangan Partai Politik Tahun 2006, Laporan Keuangan Pemerintah Daerah Tahun 2006 dan 2007, penyaluran dana perimbangan Tahun 2006 dan semester I Tahun 2007, sedangkan sebelumnya pemeriksaan dilakukan oleh Perwakilan BPK RI di Jayapura yang diantaranya adalah pemeriksaan Belanja Daerah Tahun 2004 dan 2005, Pemeriksaan Atas Laporan Keuangan Daerah Tahun 2004 dan 2005, dan Pemeriksaan Dengan Tujuan Tertentu atas Kinerja RSUD Kabupaten Manokwari.
Pemeriksaan yang dilaklukan oleh Perwakilan BPK RI di Manokwari dan Jayapura pada sepuluh entitas pemerintah daerah di Papua Barat dan RSUD Kabupaten Manokwari tersebut telah menghasilkan 291 temuan pemeriksaan dengan 360 rekomendasi senilai Rp.2.579.955.280.521,88. Dari temuan pemeriksaan senilai Rp.2.579.955.280.521,88 tersebut telah ditindaklanjuti sebanyak 71 rekomendasi senilai 173.013.879.779,97 atau 7% dari nilai temuan. Rekomendasi yang masih dalam proses tindaklanjut sebanyak 108 dengan nilai Rp.489.954.666.414,61 atau 19% dari nilai temuan, sedangkan rekomendasi yang belum ditindaklanjuti sebanyak 181 senilai 1.916.986.734.327,30 atau 74% dari nilai temuan.
Hasil pemeriksaan Perwakilan BPK RI di Manokwari yang telah diserahkan kepada pemerintah daerah dan DPRD namun masih dalam masa tenggang tindak lanjut selama 60 hari adalah Pemeriksaan Laporan Keuangan Daerah Tahun Anggaran 2007 pada Kabupaten Manokwari, Kaimana, dan Kota Sorong. Dalam waktu dekat akan diserahkan hasil pemeriksaan pada Provinsi Papua Barat, Kabupaten Teluk Bintuni, Kabupaten Sorong Selatan, Kabupaten Raja Ampat, Kabupaten Teluk Wondama, dan Hasil Pemeriksaan Kinerja pada RSUD Kabupaten Manokwari. Laporan Keuangan Pemerintah Daerah yang belum dilakukan pemeriksaan oleh BPK RI adalah Laporan Keuangan Pemerintah Kabupaten Fakfak karena Pemerintah Kabupaten Fakfak sampai saat ini belum menyampaikan Laporan Keuangannya kepada BPK RI.
Untuk mempercepat tindaklanjut hasil pemeriksaan BPK RI tersebut sangat diperlukan adanya pelimpahan wewenang dari DPRD kepada lembaga pengawas intern (bawasda) untuk lebih berperan aktif menindaklanjuti hasil pemeriksaan BPK RI. Lembaga pengawas intern tersebut harus pro aktif dengan melakukan konsultasi – konsultasi kepada BPK RI atas tindaklanjut di wilayahnya.
